一、牵头组织改善农村人居环境。

二、负责农业植物新品种保护，牵头管理外来农业物种，指导农业生物物种资源的保护与管理。

三、负责动物防疫以及与动物有关的实验室及其实验室活动的生物安全监督等工作。

四、负责耕地及永久基本农田质量保护。指导农产品产地环境管理，会同生态环境局开展农用地土壤环境分类管理，对优先保护类、安全利用类和严格管控类耕地采取分类管理措施。

五、负责指导农业清洁生产，推进农药、化肥合理使用，对农业生产过程中产生的秸秆开展资源化利用，会同生态环境局组织开展农药包装废弃物回收处理。

六、指导生态循环农业、节水农业发展及农村可再生能源综合开发利用、农业生物质产业发展。

七、负责指导畜禽粪污资源化利用和病死畜禽无害化处理。

八、负责指导渔业水域生态环境及水生野生动物保护。

九、负责指导农业机械报废更新工作，加快淘汰老旧农业机械。

十、负责职责范围内的其他生态环境保护工作。